２つに分けたフレームでＨＰを作っています。
この場合には固定のメニューホームじゃなくTOPのページにカウンターをつける場合は同じサイト内の２つのページに別々にカウンタのタグを貼り付けなくては同じページができあがりませんよね。
その場合別々のページに貼り付けたカウント数には数値のズレなどの問題はないでしょうか？！
宜しくお願い致します。

TOPの複数のフレーム内に別々のカウンタを置けば、それらのカウンタが同時に表示される場合は同じようにカウントアップされるはずですが、例えば左フレームを移動して再度戻って来た時には（リロード防止に引っ掛からなければ)左フレームのカウンタだけアップする事になります。

フレームが２つ以上存在したとしても貴方様のHPのTOPページのカウンタを表示したいどれか１つのフレームにカウンタを置けば良いのではないかと思います。

フレームに表示される内容がランダムに表示される等の理由でフレームに表示される内容全てにカウンタタグを記述する必要がある場合は、javaスクリプト及びcookieを使用すれば対応できると思います。

テキスト表示でも良ければ日毎カウンタを応用する事もできます。
１．フレームの親でカウンタを呼び出す。
２．日毎カウンタ呼び出しのタグのyesterdayやtodayの代わりにtotalと記述したタグを置く。
でもできると思います。（total呼び出しはカウントアップはしません。）
なお、上記例の動作保証はしません。